Streptavidin 链霉亲和素及偶联物是四聚体蛋白，大小为66KDa。一分子链霉亲和素可以高度特异性地与四分子生物素结合，两者之间的亲和力极为强烈，Streptavidin 链霉亲和素及偶联物-生物素复合物的解离常数处于 10 mol/L 数量级，这一性质常用于分子生物学用途 。其中一条完整的SA肽链中有159个氨基酸残基，分子量为16450。
消光系数与蛋白中Tyr含量有关， 由于SA 中Tyr的含量比AV 多，所以SA的比消光系数也较AV 为高，两者分别为E 1mg/mL=3.40和E1mg/mL=1.57。在282nm 上这两种蛋白结合生物素后并不改变其消光系数，而在233nm上，它们结合生物素后郡便其消光系数值增高，现在一般都是利用蛋白的这种吸光特点来测定它们的活性。
Streptavidin 链霉亲和素及偶联物分子由4条相同的肽链组成，其氨基酸组成中，甘氨酸和丙氨酸的含量较大，而且结合生物素的活性基团也是肽链中的色氨酸残基;链霉亲和素是一种稍偏酸性(pH6.0)的蛋白质，并且不带任何糖基。在蛋白水解酶作用下，链霉亲和素可在N端10～12和C端19-21间断裂，形成的核心链霉亲和素仍然保持完整的结合生物素的能力。Streptavidin 链霉亲和素及偶联物的活性单位也是以结合1μg生物素所需的量来表示，1mg链霉亲和素的zui高活性可达18U。